Ami a Szabadkai Egyházmegye területét illeti, az egyház történetének kezdeteiről kevés feljegyzés áll rendelkezésre. Egyes történetírók szerint Bácska területén már a 6. században, I. Jusztiniánusz császár uralkodása idején létezhetett szervezett egyházi hierarchia. Ám az első biztos írásos emléket erről majd csak a Felicián-féle okmányban találjuk, 1134-ből. Ez a dokumentum, amely az akkori Zágrábi Egyházmegye birtokaival foglalkozik, két bácskai érsek nevét is tartalmazza: Fábiánét, aki a Zágrábi Egyházmegye megalapítása idején Bácsott volt érsek és Ferencét, aki először Zágráb püspöke volt, később pedig bácsi érsek lett. Mivel a Zágrábi Egyházmegye alapítása idejének 1094-et tartják, Fábián érsek minden bizonnyal ebben az évben, de akár már korábban bácsi érsek lehetett. Történelmi tény, hogy Szent István király Kalocsán, a leendő Kalocsa-Bácsi Főegyházmegye egyik központjában 1000 tájékán, püspökséget hozott létre, melynek kormányzását Asztrik apátra bízta. Kalocsa 1030 körül azután érsekség lett. Ezért feltételezhető, hogy ugyanabban a században Bácsott is püspökség alakul, amely nem sokkal később Kalocsához hasonlóan, egész gyorsan érseki rangra emelkedik. A Bácsi Főegyházmegye önálló korszakából ismert még egy bizonyos Gergely érsek neve is. A két Főegyházmegye összeolvadása végül 1135-ben következett be. Az Egyház középkori története Bácskában két káptalant tart számon, Kalocsán és Bácsott, emellett megemlíti a titeli és hájszentlőrinci társkáptalanokat, valamint számos apátságot és kolostort, melyekben elsősorban bencések működtek.

Az 1526-os mohácsi csata és a térség oszmán kézre kerülése után Bácskában a hitélet gyakorlatilag megsemmisült. A 17. század második felében, főleg a nagy bécsi háború után (1683-1699), elkezdődött az egyházi hierarchia és a hitélet fokozatos megújulása, ami szinte egy teljes évszázadot vett igénybe. Ebben a nehéz helyzetben az isteni gondviselés két nagy, a Patachich de Zajezda családból származó személyt adott ennek a vidéknek, Ádámot és Gábort, akik kalocsa-bácsi érsekként, sok esetben saját anyagi forrásaikból merítve, tették lehetővé az egész érsekség újjáéledését. Ez a megújulás számos új plébániát hozott létre, és sok, még ma is büszkén álló templom épült fel. A 19. században nagy számban elterjedő katolikus iskolák és szerzetes közösségek pedig csak még tovább erősítették a bácskai hívek vallásosságát.

Az első világháború vége, a Kalocsa-Bácsi Főegyházmegye végét is jelentette, amely a trianoni békeszerződés után, két új országhoz kerülve, két részre szakadt. Emiatt a Szentszék 1923. február 10-én megalapította a Bácskai Apostoli Kormányzóságot és első kormányzónak az akkori szabadkai Szent Teréz plébánia plébánosát, Budanović Lajost nevezte ki,